Impacto sobre el balance del agua.
Uno de los riesgos de la sustitución de un paisaje de pastizales por uno de bosques es la reducción o desaparición de algunos humedales, debido a las modificaciones en el balance del agua en la cuenca de aporte, las plantaciones forestales tienen mayor consumo de agua que los pastizales; el suelo forestado recibe menor volumen de agua por intercepción del agua de lluvia y evaporación en el dosel, y el escurrimiento superficial es también menor. Sumando estos procesos, en años secos el balance hídrico de los sitios forestales puede ser negativo. Además las etapas de implantación pueden representar un riesgo de ingreso de agroquímicos a los esteros.
Impactos sobre la vegetación y fauna silvestres.
Las forestaciones implantadas generan una fuerte discontinuidad en el paisaje y pueden representar una barrera para la distribución local de muchas especies vegetales y animales. En el caso de la fauna silvestre, los principales impactos se relacionan con la pérdida de calidad y extensión del hábitat. La fauna acuática puede sufrir además procesos de toxicidad crónica o aguda en caso de que no existieran medidas cuidadosas de manejo de agroquímicos.
Impactos sobre especies de fauna silvestre en grave peligro de extinción.
Los pastizales de la región sirven como hábitat principal en la Argentina para diferentes especies de fauna silvestre que se encuentran gravemente amenazadas en el territorio nacional. La más importante es el venado de las pampas, uno de los mamíferos más escasos del país. Aunque en tiempos históricos se estima que habitaban la Argentina millones de venados, en la actualidad su población no excede los 3000 ejemplares.
El venado de las pampas es un ciervo de pequeño tamaño que ha evolucionado en ambientes abiertos, ocupando un rol ecológico equivalente al de las gacelas en las sabanas africanas. Esto hace que no puede sobrevivir en áreas boscosas. En las áreas donde el pastizal natural es transformado forestaciones el venado de las pampas es desplazado por su pariente más común, la corzuela o guazuncho, el cual está mucho mejor adaptado para moverse en áreas arboladas y de baja visibilidad. Por esto, la transformación de los pastizales naturales de la cuenca noroeste del Aguapey en plantaciones arboladas supondría la extinción de una subespecie de venado única en el país y la desaparición de la que es la segunda mayor población de la especie para la Argentina.
De hecho, una de las características únicas de los humedales y pastizales de la región Mburucuyá-Iberá-Aguapey es que es la única zona de Corrientes que alberga a las cuatro especies de Monumentos Naturales provinciales: el ciervo de los pantanos, el venado de las pampas, el lobito de río y el aguará-guazú.
Otra especie de fauna que habita los pastizales de la región y está catalogada como en peligro de extinción es el yetapá de collar. Ésta llamativa ave está adaptada al uso de pastizales con vegetación herbácea alta.
Este tipo de pastizales se da en la Argentina únicamente en el área del Bagual en Formosa y en la gran región de Iberá y alrededores. Su sistema de anidamiento, cortejo y alimentación hace que esta especie sea totalmente dependiente de los hábitats de pastizal alto, desapareciendo tanto en áreas de alta carga ganadera como en áreas de producción forestal.
Impacto sobre el valor escénico.
Las plantaciones forestales han desplazado a los pastizales de uso agropecuario, reemplazando agrosistemas relativamente heterogéneos por una cubierta continua de árboles exóticos. Esto representa un fuerte impacto escénico que no puede ser mitigado, y que debería ser tenido en cuenta especialmente en esta zona de gran potencial para el desarrollo ecoturístico.
Impactos sobre el escurrimiento de las aguas y recursos naturales por obras hidráulicas asociadas.
Las plantaciones forestales en áreas de cordones en abanico o zona de ribera, conllevan la construcción de caminos para su manejo y extracción. Estas obras, por mejor diseño de traza que tengan, implican una disminución del área de escurrimiento de las aguas al estar ubicadas sobre una planicie aluvial cuya pendiente es menor al 0.00004 %. Asimismo la propia red de caminos genera una mayor demanda de controles por parte de los guardaparques, y esfuerzos de educación ambiental en la región para prevenir un mal comportamiento dentro del área de Reserva (caza, extracción de leña, eliminación de basura, incendios, etc.).
Impactos relacionados con la capacidad invasora de las especies de pinos cultivadas.
El género Pinus es nativo del hemisferio norte y está considerado de altísima capacidad invasora por fuera de sus áreas de plantación en el hemisferio sur. Estas especies se comportan como invasoras en ecosistemas abiertos como pastizales, sabanas y matorrales, e incluso en áreas degradadas y agrícolas. En menor intensidad, pueden invadir claros dentro de bosques o áreas boscosas en fase de sucesión inicial. La invasión de hábitats por parte de especies exóticas es una causa directa de extinción de especies nativas. Constituye una amenaza para la biodiversidad a nivel local y regional, dado que su proliferación altera la riqueza y abundancia de la flora y fauna del ecosistema original.